Le Séquence Pro: explication de Racha Zgheib, Chef de projet R&D

Une explication simplifiée de notre processus de machine automatisée : Le Séquence Pro

Quel que soit votre niveau d’expérience, nous voulons nous assurer que vous pouvez effectuer un test PCR quantitatif (qPCR) rapidement, efficacement et économiquement.

Introduction à la méthode

Nous vivons à une époque où la génétique nous aide à comprendre de mieux en mieux le monde qui nous entoure, qu’il s’agisse de démêler les histoires évolutives ou de diagnostiquer et de traiter plus précisément les maladies. Mais pour faire tout cela, nous devons être en mesure de trouver et d’examiner des morceaux d’ADN spécifiques. L’un des outils fondamentaux que nous utilisons s’appelle qPCR. Pour pouvoir effectuer une qPCR sur un échantillon, nous devons extraire l’ADN / ARN de l’échantillon, puis l’amplifier pour déterminer quantitativement la présence d’une séquence ou d’un gène cible. Ces différentes étapes prennent beaucoup de temps et une manipulation humaine experte. Nous avons besoin d’une solution simple et rapide.

Nous allons explorer ensemble notre nouvelle machine, le Séquence PRO .

Avantages de la technique qPCR: 3 heures vs 3-7 jours!

Pour détecter une maladie dans le monde vétérinaire, nous utilisons généralement des techniques microbiologiques telles que l’inoculation d’un échantillon sur des plaques de gélose.  Ces méthodes, comme nous le savons déjà, prennent au moins 3 jours pour révéler une contamination.  Les autres techniques utilisées consistent à détecter la contamination à un stade tardif. Cependant, la qPCR prend au plus 3 heures pour  nous  fournir un résultat de contamination précoce ou tardive.  Avec cette technique, vous gagnerez du temps et de la sensibilité.

Une nouvelle machine automatisée, plus rapide et plus facile qu’une technique manuelle de qPCR est nécessaire.

Tout le monde sera en mesure d’effectuer des tests PCR à partir de tous les types d’échantillons et de pouvoir les analyser, d’autant plus que nous devons extraire de l’ADN ou de l’ARN avant de procéder à l’amplification. Notre automate Sequence PRO est un extracteur d’ADN/ARN (de n’importe quel échantillon après un simple prétraitement pour chaque type de prélèvement) et une machine qPCR en même temps. C’est un outil compact qui réduit le temps de diagnostic (jusqu’à 3 heures) et améliore la prise de décision rapide avec traçabilité et fiabilité des résultats. Il consomme 1/30 d’énergie comparé aux autres méthodes de diagnostic, telles que les plaques de gélose. Et le point le plus important est que vous n’avez pas besoin d’être un scientifique pour pouvoir utiliser cette machine et analyser ses résultats.

La solution est fournie avec le Sequence Pro

Sequence Pro différentes parties, contenus et procédures

Entrons dans les détails du Sequence PRO:

Il dispose de 2 ports: Ethernet (pour la maintenance et la mise à jour) et USB (pour connecter le lecteur de codes-barres, le clavier et récupérer les résultats).

À l’intérieur du Sequence PRO, nous avons une petite caméra qui s’assure que les différentes parties de la machine fonctionnent correctement ; nous avons plusieurs bras mobiles : une pipette de 200 μl qui peut fournir un volume mesuré entre 10 μl et jusqu’à 200 μl ainsi qu’une pince robotique pour aider à déplacer les bandes.

Différents modes : mode individuel et mode batch

Une fois que vous aurez choisi votre échantillon, vous aurez 2 options : le mode individuel ou le mode batch ; chaque mode a ses réactifs spécifiques :

Si vous souhaitez utiliser un petit nombre d’échantillons, variant de 1 à 8 échantillons, tout  en étant capable de détecter jusqu’à 4 cibles par échantillon, vous devez choisir le mode individuel. Cependant, si votre objectif principal est de tester 1 cible sur plusieurs échantillons en même temps (14 au maximum) on préfèrera le mode batch. Les prix des deux modes ne sont très proches, mais le mode batch restera plus avantageux que le mode individuel.

Après avoir choisi votre mode, vous disposez de 2 tiroirs : un tiroir pour mettre les réactifs, les échantillons, et une petite poubelle ; et un autre tiroir pour le traitement des échantillons.

Le Sequence PRO, selon le mode sélectionné, sera capable de prendre la barrette d’amplification et la barrette d’extraction, de les stocker à l’intérieur de la machine, puis de prélever un volume de l’échantillon, de le placer dans la plaque deepwell et de commencer la procédure d’extraction basée sur la technique des billes magnétiques. Chaque échantillon nécessite 2 min maximum de manipulation humaine, et le reste du  temps, l’opérateur peut aller se reposer, prendre une pause-café ou continuer d’autres travaux. Après avoir extrait tous les échantillons, l’étape de purification commence et élue votre ADN. Après la purification de l’ADN, les étapes qPCR avec l’amplification commencent jusqu’à ce que nous ayons les résultats finaux.  Ces résultats sont présentés sous forme de valeurs CT, qui correspondent au nombre de cycles de seuil lors duquel le signal commence à devenir plus élevé que le bruit de fond. Plus il y a de matière amplifiée dans l’échantillon, plus le CT est bas et plus le signal est détectable.  Dans les deux modes, vous pourrez visualiser les résultats à l’écran et exporter le pdf détaillé via une clé USB.

Concernant l’installation de la machine, il faut compter 1 journée, y compris les tests qui doivent être effectués pour la validation, l’étalonnage et la formation des opérateurs.

Entretien gratuit la première année, puis un entretien par an.

Pour l’entretien, il est effectué annuellement pour la pipette. L’étalonnage reste robuste si toutes les notes pendant la formation sont respectées.

Différents réactifs et consommables

Nos kits complémentaires au Sequence PRO se composent de packs de 5 barrettes pour l’amplification des cibles et de packs de 10 barrettes pour l’extraction. Toutes les informations détaillées sont publiées sur notre site Web. Si nécessaire, nous pouvons concevoir un kit spécifique en fonction de votre besoin.

Conclusion

En conclusion, notre Sequence Pro propose des tests PCR quantitatifs internes. Il combine l’extraction ADN/ARN  et la PCR en temps réel sur une seule machine. Son utilisation est flexible grâce à sa capacité à gérer presque tous les types de matrices.  Il s’agit d’un outil de paillasse compact (65cm x 65cm) qui réduit le temps de diagnostic et améliore la prise de décision rapide tout en respectant traçabilité et fiabilité des résultats.

Nos équipes de R&D et d’ingénierie sont prêtes à développer tout type de kit avec n’importe quel type de cible et pour tout type de prélèvement (devis étude de cas). Quelque soit votre besoin nous pouvons trouver une solution à vos procédures de diagnostic ou à vos tests dans les domaines de l’auto-contrôle alimentaire, cosmétique, dans la santé humaine et animale…

Nous travaillons ensemble pour être en mesure de répondre à toutes vos questions et tous vos projets.

Dr Racha ZGHEIB

Chef de projet R&D

ADNucleis

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